Ernst Jurgens is werkzaam als klinisch arbeidsgeneeskundige bij IKANED en als bedrijfsarts bij MKBasics (onderdeel ArboUnie). Hij behaalde zijn MSc medische biologie aan de UVA en zijn MD aan de VUmc. Is sinds 2001 geregistreerd als medisch specialist in het domein Arbeid en Gezondheid. Sinds 2018 ook geregistreerd als praktijkopleider.
Hij is actief als gastdocent op postacademische opleidingsinstituten (NSPOH, SGBO) en health academies met betrekking tot Long COVID & Werk, Diabetes & Werk, Kwetsbare werknemers & Preventie, Leefstijl op de werkvloer, en Planetary Health & bedrijfsgezondheidszorg. Tevens gastdocent bij de huisartsenopleiding UMC-Utrecht, onderdeel arbocuratieve samenwerking.
Eerder acht jaar actief geweest als NVAB bestuurder met als portefeuille wetenschappelijke ontwikkeling van de bedrijfsgeneeskunde. Momenteel actief als voorzitter van de NVAB commissie preventie, commissie planetary health en commissie beroepsziekten. Tevens lid van de werkgroep ME/CVS die de FMS richtlijn herzien. Daarnaast een van de wetenschappelijke reviewers bij Stichting Long COVID. Externe adviseur bij TNO Expertise Group for Microbiology & Systems Biology. Zijn onderzoek interesse aldaar is gericht op de rol van dysbiose bij Long COVID.